Sinopsis Yu☆Gi☆Oh! VRAINS/Yuu Gi Ou!/Yugioh/遊戯王VRAINS/Yu-Gi-Oh! VRAINS/Yu-Gi-Oh! Vrains: Dunia Duel Monsters sekali lagi berkembang dengan pengembangan jaringan yang disebut Link Vrains dan mekanik pemanggilan baru yang diperkenalkan sebagai pemanggilan tautan. Dengan menggunakan ruang maya ini, duelis sekarang dapat membuat avatar mereka sendiri dan berduel cara mereka untuk kemuliaan dalam realitas virtual.
Namun, seperti dunia nyata, dunia digital tidak bebas dari perang, konflik, dan misteri. Bertahun -tahun yang lalu, sebuah organisasi peretas yang dikenal sebagai Knights of Hanoi melepaskan serangan terhadap link vrains. Dipimpin oleh revolver anonim, tujuan mereka adalah untuk memusnahkan program kecerdasan buatan yang dikenal sebagai Cyberse. Setelah upaya yang gagal, salah satu target mereka, Ignis, berhasil melarikan diri dan menyembunyikan dunia maya di suatu tempat di jaringan.
Lima tahun kemudian, siswa sekolah menengah Yuusaku Fujiki bertemu dengan program kecerdasan buatan yang aneh sambil berduel di link vrains. Dengan kedok avatarnya bernama playmaker, Yuusaku dan rekannya dalam kejahatan, Shouichi Kusanagi, memutuskan untuk bergabung dengan keberadaan yang aneh. Ketika dia mencari kebenaran di balik insiden misterius dari masa lalu, Yuusaku berjuang melawan para ksatria Hanoi dan Sol Technologies dalam ras yang mungkin mengubah nasib dunia.
